揭秘全面基因组测序分析，CGP助力肿瘤个体化治疗

2016年12月16日-19日，ESMO-Asia在新加坡隆重召开。回溯个几月前，第41届欧洲临床肿瘤内科学会年会（2016 ESMO）上，我们就全面基因组测序（CGP）系列相关报告进行了主题报道，得到广大医生的热切关注。现在让我们延续ESMO的热门话题，再次关注CGP与肿瘤个体化治疗的那些事儿！

来源：肿瘤资讯

2016年12月16日-19日，ESMO-Asia会议火热进行时，旨在促进区域和国际肿瘤学专家之间的交流和互动。在精准肿瘤医疗模式中，对肿瘤的精准诊断是精准治疗的重要保证。随着对肿瘤分子表型以及疾病易感基因变异研究的深入，根据基因变异特点对个体发病风险进行分层，并对疾病亚型进行精准划分将成为现实。究竟CGP如何助力精准医学发展，【肿瘤资讯】在10月的ESMO会议上已经给大家进行了全面介绍，引来小伙伴们阵阵喝彩。时值ESMO-Asia会议，让我们再接再厉，继续ESMO上的热门话题，揭秘全面基因组测序分析，一起来关注CGP如何助力肿瘤个体化治疗的新发展吧！

12月17日，来自美国加州大学的 Sai-Hong Ignatius Ou教授、Foundation Medicine公司的James Suh博士、新加坡癌症中心的Seng Weng Wong博士和印度max癌症中心的Amit Verma博士进行了“基因组分析：肿瘤个体化治疗的基础”主题分享会，就基因组测序进行深入探讨，让人受益匪浅。

基因组分析去神秘化：为什么它是个体化治疗的必要条件

--Foundation Medicine, Inc., USA

Dr. James Suh

James Suh博士主要就以下三部分的内容进行分享：

1. 全面理解基因组分析

主要介绍了转移性疾病的基因突变检测——常见的突变及其对应的靶向药物。对于肺癌，目前有7个靶点有相关靶向药物治疗，即EGFR、ALK、BRAF、MET、RET、ROS1以及HER2, 因此NCCN指南也推荐NSCLC使用广谱基因检测。随后简要介绍了全面基因组测序分析（CGP）的工作流程。

2.肺癌应用

以ALK重排的病例及近年来的相应临床研究为例，就CGP病例报告进行分析，分享了该平台在诊疗方面发挥的良好作用。Foundation Medicine的全面基因组测序分析（CGP）可检测到其它方法检测不到的突变，如EGFR融合、MET14号外显子剪切突变，并以使用Foundation Medicine平台发表的论文作为佐证。NSCLC通过CGP检测后，可使用相应的药物治疗。

3.免疫肿瘤学

预测免疫治疗反应的因素有：IHC检测到的PD-L1过表达、错配修复状态（MRS）、肿瘤突变负荷（TMB）、PIK3CA突变状态、g-干扰素特征。检测肿瘤突变负荷（TMB）与治疗效果有关，越来越多的证据现实，高TMB可预示治疗获益。

最后，James Suh博士总结了Foundation Medicine的检测方法与其它现有检测方法相比的优势

· 精准的基于细胞系的对照以保证高敏感性

· 极低的假阴性率

· 专业的算法及计算生物学技术可防止产生假阳性结果

· 检测肿瘤相关基因突变的全部4种类型，可防止在获得准确结果之前珍贵组织标本的消耗

基于此,其验证性数据（Validation Data）发表在 Nature Biotech 上。由于FDA对于NGS领域目前还缺少标准监管流程，在投入临床使用前，进行验证性分析非常重要。

走向主流：美国使用基因分析治疗肺癌现状

--University of California, Irvine, USA

Prof. Sai-Hong Ignatius Ou

Sai-Hong IgnatiusOu教授指出肿瘤相关基因突变的4种方式：拷贝数改变、易位、插入和删除、重排，并列举了肺癌治疗中全面基因组测序分析（CGP）的应用。

目前，FDA批准的NSCLC靶向治疗指南中主要的靶点包括EGFR敏感突变、EGFR T790M耐药突变、ALK和ROS1。Sai-Hong Ignatius Ou教授重点介绍了一些基因的融合突变，包括ALK、ROS1、EGFR等，并总结了可以发生融合突变的基因及其配体。同时，他也就基于外周血的ctDNA检测解析了T790M、ALK、MET等基因的实际检测过程，组织标本的CGP检测是基因组分析的主流方法，而血液检测（CTC、ctDNA）可作为组织标本检测的有效补充，针对组织标本难以获得或实时检测情况使用。并介绍了如何使用CGP检测肿瘤突变负荷（TMB）的情况，指出免疫治疗的效果与TMB具有相关性。

肿瘤医生如何使用基因组分析对患者进行个体化治疗

--The Cancer Centre, Singapore

Dr. Wong Seng Weng

Dr. Wong Seng Weng从肿瘤医生希望达到什么样的治疗效果谈起，分析了现有诊疗工具以及不同肿瘤的驱动基因，并具体讲述了晚期消化道肿瘤的分子机制。

在结合一些消化道肿瘤临床研究的基础上，Dr. Wong Seng Weng分析了不同癌种、不同基因的靶向治疗情况，指出IHC、FISH等常规分子诊断方法在CGP不断发展的今天，仍然有不可替代的作用。全面基因组测序分析给我们带来了希望，可根据全面基因组测序分析的结果选择更优的治疗方案，并淘汰不适宜的治疗方案。相应地，临床试验结果及实际应用效果也提示，以不同驱动基因作为靶点的靶向治疗大有发展希望。

最后，以家族性结直肠癌和遗传性胃癌为例，Dr. Wong Seng Weng详细介绍了遗传性肿瘤的全面基因组测序分析，不同癌种相应的基因改变为遗传性肿瘤的诊断和治疗提供了有力的证据。

在亚洲使用基因分析的现状及挑战

--Max CancerCentre, New Delhi, India

Dr. Amit Verma

Dr. Amit Verma首先就肿瘤基因组分析中最常见、常见、不常见、罕见的基因突变以及肿瘤信号转导的常见通路进行了讲解，随后就全面基因组测序分析（CGP）使用中面临的挑战进行讨论。

Dr. Amit Verma主要从乳腺癌的基因突变情况进行分析，包括HER2的体细胞突变及遗传性乳腺癌的CDH1胚系突变，并对拉帕替尼与曲妥珠单抗进行了比较。同时，他也提出了几个民意测验调查：您初诊是否想做NGS？您可接受的NGS报告的最低推荐级别是什么？您对NGS报告解读的相信程度？进行治疗前，病例会经分子肿瘤委员会（MTB）讨论吗？在此基础上，他结合大家的反馈对NGS报告做了简要解读，在场人员都感觉到收获满满。

未来，CGP的应用会给患者带来更多获益，有越来越多的影响临床决策的案例、医生之间、同行之间对于这个新的领域也需要更多的教育和分享，针对目前FDA缺乏监管标准的情况，也需要医院、社会、企业各方共同贡献力量。

随着精准医学研究的不断深入，传统用药模式已逐步被打破，取而代之的是个体化用药，而全面基因测序分析（CGP）无疑是未来指导临床用药的有效手段之一。