母乳性黄疸的机制尚不明确。母乳中含有高浓度β-葡萄糖醛酸酶,可催化β-D-葡萄糖醛酸水解。而婴儿奶粉中的β-葡萄糖醛酸酶含量极低,奶粉喂养的婴儿胆红素水平低于母乳喂养的婴儿。在母乳喂养的婴儿中,有人认为降解增加导致的β-D-葡萄糖醛酸减少能促进肠道对非结合胆红素的吸收增加。另一项潜在机制是UGT1A1基因的多态性突变。