由于ＰＩＣＵ患儿病情危重，一旦发生深部真菌感染，病死率较高，所以及时、有效的治疗有利于减少病死率。真菌感染的治疗效果与抗真菌治疗时间密切相关。患者在明确诊断后４８ｈ内开始抗真菌治疗病死率为４０％，若超过４８ｈ，病死率升至７８％，而早期经验性治疗患者存活率为８３％，较确诊后用药的存活率３３％要高得多。
治疗原则：根据２００７年枟指南枠和儿童侵袭性肺部真菌感染诊治指南（２００９版）（以下简称２００９年枟指南枠），真菌感染的治疗原则分为：一般预防、靶向预防、拟诊治疗（即经验性治疗）、临床诊断治疗（即先发治疗）、确诊治疗（即靶向治疗）。
１、一般预防：包括治疗原发病，尽可能保护并早期恢复解剖生理屏障和加强对ＩＣＵ环境的监控。前者如积极治疗原发病的同时尽早拔除胃（导尿）管、气管插管，缩短静脉营养时间恢复黏膜屏障功能。后者如无菌技术操作规范、消毒隔离及洗手等制度，减少交叉感染概率。
２、靶向预防：目前并不主张对有高危因素的患儿进行靶向预防，但对免疫功能抑制的重症患儿应进行抗真菌药物的预防治疗，血液系统的患儿可应用复方磺胺甲恶唑预防卡式肺孢子虫肺炎。有研究显示，靶向预防虽能降低真菌感染的发生率但却不能改善预后。
３、拟诊治疗：即经验性治疗，针对高危患儿，其临床表现及影像学都符合真菌感染（拟诊），在未获得病原学证据之前可考虑经验治疗。经验治疗常用药物为氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑以及卡泊芬净。目前经验性治疗的研究主要集中在持续发热的中性粒细胞减少症患儿。
４、临床诊断治疗：即先发治疗，但尚未获得组织病理学确诊依据。针对的是临床诊断ＩＦＩｓ的患儿。对有高危因素的患儿开展连续监测，包括每周２次胸部Ｘ线片、ＣＴ扫描、真菌培养及真菌抗原检测等。新的实验室技术结合临床影像学为先发治疗提供保障。先发治疗的药物选择应依据检测到的真菌种类而定。治疗应足量、足疗程，以免复发。
５、确诊治疗：即靶向治疗，针对确诊患儿，应依据真菌种类、药敏结果、病情轻重以及患儿的耐受性选择用药，亦可适当依据经验治疗的疗效结合药敏结果来调整用药。
一但发现有真菌感染一定要及时治疗，如果治疗过程中遇到任何问题可以预约
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