基于基因组和转录组表达谱的弥漫性胶质瘤分子学亚型

发表者：张开亮人已读

【Ref: Weller M,et al.Acta Neuropathol. 2015 May;129(5):679-93. doi: 10.1007/s00401-015-1409-0. Epub 2015 Mar 18.】

弥漫性胶质瘤包括WHO分级2-3级的胶质瘤。目前尚无大规模的基因组和转录组表达谱检测来协助分型和判断预后。瑞士苏黎世大学医院神经外科的Michael Weller等于2015年3月在《ActaNeuropathol》在线上发表研究论文，报告基于基因组和转录组表达谱对弥漫性胶质瘤进行分子学分型，预测该肿瘤的预后。

作者收集137例弥漫性胶质瘤样本，包括WHO 2级61例，WHO 3级76例，进行基因组和转录组表达谱检测。结合患者病理学分级，整合生物信息学分析IDH1突变、1p/19q共缺失和TERT启动子突变等分子学标志以及患者预后，对137例胶质瘤作无监督聚类分型，确定分子学亚型。

依据基因组表达谱肿瘤可分为5个亚型，包括IDH突变的3个亚型和IDH野生型的2个亚型（图1）。

图1. 根据基因组表达谱可以将肿瘤分为5个亚型。

依据转录组表达谱可以将肿瘤分为8个亚型，包括IDH突变的5个亚型和IDH野生型的3个亚型（图2）。值得注意的是，此两类分型结果之间仅部分相关。

图2. 根据转录组表达谱可以将肿瘤分为8个亚型。

依据基因组的分子学分型结合患者的临床预后可以进一步将弥漫性胶质瘤归为三大类。其中，IDH突变联合1p/19q共缺失的亚型肿瘤患者预后最好；IDH野生型联合胶质母细胞瘤样基因组改变的肿瘤患者预后最差，包括7q扩增、10q缺失、TERT启动子区突变以及其他原癌基因扩增；IDH突变而1p/19q无缺失以及IDH野生型而缺乏胶质母细胞瘤样基因组改变的肿瘤患者预后介于前两个亚型之间（图3）。

图3. DNA表达谱分子学分型结合患者预后分析。